改めてKiss&flyに「本当に発券されてる？ JAL公式サイトで照会できないんだけど」と問い合わせたところ、解決策を教えてくれた。そして、どうして照会できないのか判明した。

国内線だが航空券は国際線の扱い

今回購入した羽田から高松までの航空券は、確かに国内線ではあるが、発券は海外で実行したため、国際線として照会しないと表示されないという。そのアドバイスを受けてJAL公式サイトの国際線の照会ページで試したところ、できた！ 国内線だが、航空券は国際線の扱いだったのである。無事にオンラインチェックインと席指定ができたのだった。