ある日、島に異変が起こり、モアナは愛する家族や島の人々を守るため、掟を守るよう言ってくる父を振り切り、祖母の「モアナは海に選ばれた」という言葉を信じ、サンゴ礁を越えて冒険に出る。

しかし、海はモアナの想像以上で、予想外の事態が次々と襲ってくる。
そんな中、モアナは半神半人のマウイと出会い、行動を共にするようになり、やがて2人は最高の相棒となり、冒険を繰り広げていく。
そんな2人はやがて世界を揺るがす存在に立ち向かうことになる。