一方の帝国側は、初代皇帝であるクレオン１世のクローンたちが何世代にもわたって皇帝を務めている“クローン帝国”。かつて強大な力を持っていた帝国は、過去の栄光に固執し【破滅する】というハリの予言を受け入れようとはしなかった。しかし、内部の権力闘争や、反乱因子の出現によって、その根幹は揺るがされ、次第にその力と影響力が弱まっていく。そして、対照的に勢力を強める「ファウンデーション」との対立を深めていくことに。

そして、この「ファウンデーション」と「帝国」の裏側で、ハリがもうひとつ秘密裏に計画していたのが「第二ファウンデーション」の存在。ハリは、人類の文明を守る為、この２大勢力の陰から歴史の流れをコントロールする勢力として、この「第二ファウンデーション」の設立に着手していた――。