外耳炎を治すために抗生物質を使うのだが、これによって、常在菌の良い菌も悪い菌も殺してしまうことがある。すると菌交代現象が起き、その隙に菌やカビが繁殖して症状が悪化してしまうことがある。また、炎症を起こした患部からは、浸出液がにじみ出ることがある。これにはタンパク質が含まれており、カビが増える原因となる。

これらの結果、外耳炎から外耳道真菌症になってしまうことがある。外耳道真菌症には抗生物質は効かない。ひどくなれば、鼓膜が破れることもある。