歴史修正の糸口を見つけ、江戸の町を元に戻したいと願う水心子正秀と源清麿は、隊の中と外から蜂須賀虎徹たちの任務に同行するという。
麟太郎の案内で両国へと向かう刀剣男士たちは、早速、人ならざる気配を持つ者たちに襲撃される。
その中には、兵学を学ぶ麟太郎の大師匠にあたる窪田清音の姿があった。
終わらない“天保の改革”を正しく頓挫させるべく、刀剣男士たちは改変の中心にいる人物を探り出そうと奔走する。